Ο Λιντ συνελήφθη το 2001, στα 20 του χρόνια, στο Αφγανιστάν, όπου πολεμούσε στο πλευρό των Ταλιμπάν.

Η απελευθέρωσή του προκάλεσε την ανησυχία πολλών Αμερικανών κοινοβουλευτικών που εκτιμούν πως ο Τζον Ουόκερ Λιντ δεν έχει αποκηρύξει την εξτρεμιστική ιδεολογία που τον οδήγησε στο Αφγανιστάν.

Ο επικεφαλής της αμερικανικής διπλωματίας Μάικ Πομπέο είπε ότι η απελευθέρωση του Λιντ είναι «ανεξήγητη και ασυνείδητη». «Απ΄ό,τι καταλαβαίνω, εξακολουθεί να απειλεί τις Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής και πιστεύει πάντα στον τζιχάντ που διεξήγαγε και που σκότωσε έναν μεγάλο Αμερικανό και μεγάλο αξιωματικό», τον επίλεκτο πράκτορα της CIA Τζόνι Σπαν, δήλωσε ο υπουργός Εξωτερικών των ΗΠΑ στο Fox News. «Υπάρχει κάτι βαθιά ενοχλητικό και λανθασμένο σε αυτό», είπε.

Μετά τη σύλληψή του, ο Λιντ φυλακίστηκε μαζί με άλλους Ταλιμπάν σε μια φυλακή κοντά στο Μαζάρ-ι-Σαρίφ, στο βόρειο Αφγανιστάν. Ο νεαρός άνδρας είχε ανακριθεί τότε από τον Τζόνι Σπαν, τον οποίο σκότωσε λίγο μετά σε μια στάση κρατουμένων, με αποτέλεσμα να γίνει ο πρώτος Αμερικανός που σκοτώθηκε στον «πόλεμο κατά της τρομοκρατίας» που εξαπέλυσε ο Τζορτζ Γ. Μπους.

Ο Λιντ, που είχε τραυματιστεί στη διάρκεια της στάσης, μεταφέρθηκε στις Ηνωμένες Πολιτείες προκειμένου να δικαστεί και καταδικάστηκε σε φυλάκιση 20 χρόνων τον Οκτώβριο του 2002.

«Ήμουν επικεφαλής της CIA. Ο Τζόνι Μάικλ Σπαν ήταν ένας δικός μας, ένας άνδρας απίστευτα ακέραιος και θαρραλέος», πρόσθεσε ο Μάικ Πομπέο. «Τώρα επιτρέπουμε την έξοδο από τη φυλακή κάποιου που ενεπλάκη στον θάνατό του έπειτα από μια σχετικά μικρή ποινή», είπε, ζητώντας «να τα επανεξετάσουμε όλα αυτά».

Σύμφωνα με κυβερνητικά έγγραφα που διέρρευσαν και δημοσιοποιήθηκαν από το περιοδικό Foreign Policy, η ομοσπονδιακή κυβέρνηση περιέγραφε το 2016 τον Λιντ ως κάτοχο «εξτρεμιστικών απόψεων».

Ο γεννημένος στις ΗΠΑ Λιντ μεταστράφηκε από τον καθολικισμό στο Ισλάμ ως έφηβος. Κατά την καταδίκη του το 2002, είπε ότι ταξίδεψε στην Υεμένη για να μάθει αραβικά και στη συνέχεια στο Πακιστάν για να μελετήσει το Ισλάμ. Είπε πως προσφέρθηκε εθελοντικά να πολεμήσει για τους Ταλιμπάν για να βοηθήσει τους συντρόφους του μουσουλμάνους στον αγώνα τους ή στον «τζιχάντ» Είπε πως δεν είχε πρόθεση «να πολεμήσει εναντίον της Αμερικής» και δεν είχε αντιληφθεί ποτέ πως τζιχάντ σημαίνει αντιαμερικανισμός.

Ο Λιντ είπε στο δικαστήριο ότι καταδικάζει την «τρομοκρατία σε κάθε επίπεδο» και πως οι επιθέσεις από τον ηγέτη της Αλ Κάιντα Οσάμα μπιν Λάντεν ήταν «εντελώς αντίθετες στο Ισλάμ».

Ωστόσο, σύμφωνα με μια έκθεση του Εθνικού Κέντρου Αντιτρομοκρατίας της κυβέρνησης των ΗΠΑ που δημοσίευσε το περιοδικό Foreign Policy τον Ιανουάριο του 2017, ο Λιντ εξακολουθούσε, τον Μάιο του 2016, «να κηρύσσει τον ιερό πόλεμο σε παγκόσμιο επίπεδο και να γράφει καθώς και να μεταφράζει ακραία, βίαια κείμενα».