Στην παραγραφή φόρων και πρόστιμων που αφορούν σε υποθέσεις Φόρου Προστιθέμενης Αξίας πέραν της πενταετίας, υποχρεούται να προχωρήσει η φορολογική διοίκηση σε συνέχεια απόφασης του Συμβουλίου της Επικρατείας.

Σύμφωνα με την απόφαση (403/2018) του ΣτΕ, έχουν οριστικά παραγραφεί φορολογικές υποθέσεις ΦΠΑ έως και το 2011, με την εξαίρεση εκείνες τις υποθέσεις για τις οποίες προέκυψαν συμπληρωματικά στοιχεία που παραπέμπουν σε φοροδιαφυγή, οπότε η προθεσμία παραγραφής έχει παραταθεί στη δεκαετία.

Σημειώνεται πως είχε προηγηθεί η με αριθμό ΣτΕ 1738/2017 απόφαση του Συμβουλίου της Επικρατείας, που εκδόθηκε στη συνέχεια από την Ολομέλεια του Δικαστηρίου, που συνιστά και την οριστική κρίση του ΣτΕ. Ουσιαστικά αυτή η απόφαση δέχθηκε ότι:

- Η παραγραφή πρέπει να έχει εύλογη διάρκεια στα πλαίσια της συνταγματικής αρχής της αναλογικότητας (άρθρο 25, παρ. 1, εδαφ. δ’ του Συντάγματος) και η μεταβολή της, μέσω της επιμήκυνσής της, είναι δυνατή μόνο με διάταξη θεσπιζόμενη το αργότερο το επόμενο της γενέσεως της φορολογικής υποχρέωσης έτος.

-Η προθεσμία της παραγραφής πρέπει να ορίζεται εκ των προτέρων και να είναι επαρκώς προβλέψιμη από τον φορολογούμενο.

-Οι συνεχείς παρατάσεις παραγραφής του δικαιώματος του Δημοσίου για τον καταλογισμό φορολογικών βαρών παραβιάζουν την αρχή της αναλογικότητας, του κράτους δικαίου αλλά και της ασφάλειας του δικαίου.

- Η παράνομη πρακτική του Δημοσίου να παρατείνει τον χρόνο παραγραφής έχει ως συνέπεια να καθίσταται ανίσχυρη και ανέφικτη η εφαρμογή της πενταετούς παραγραφής που θεσπίζεται στην παρ. 1 του άρθρου 84 του Ν. 2238/94, ο οποίος εφαρμόζεται στις χρήσεις έως και το 2013, στις υποθέσεις που γεννήθηκαν κατά τις χρήσεις στις οποίες αφορούν.

Έτσι, λοιπόν, το Συμβούλιο της Επικρατείας αποφαίνεται πως διάταξη νόμου περί παρατάσεως του χρόνου παραγραφής φορολογικών αξιώσεων είναι ανίσχυρη ως αντικείμενη στην απορρέουσα από την αρχή του κράτους δικαίου, αρχή της ασφάλειας δικαίου, για τον λόγο ότι θα τροποποιούσε κατά τον τρόπο αυτό αναδρομικά εις βάρος των φορολογουμένων το νομοθετικό καθεστώς που ίσχυε κατά τον χρόνο στον οποίο ανάγονται οι φορολογικές τους υποχρεώσεις όσον αφορά ουσιαστικό στοιχείο των εν λόγω υποχρεώσεων.