Ειδικότερα, το Πατριαρχείο αντιτίθεται στην προτεινόμενη αλλαγή στο καθεστώς μισθοδοσίας του κλήρου και στην αποδέσμευσή της από το Δημόσιο.

Επιπλέον, ενστάσεις έχει το Πατριαρχείο και για την αναθεώρηση του άρθρου 21 για την οικογένεια και την απάλειψη της φράσης ότι η οικογένεια αποτελεί «θεμέλιο τῆς συντήρησης καί τῆς προαγωγῆς τοῦ ἔθνους» αλλά και για το άρθρο 3 και τη θρησκευτική ουδετερότητα του Κράτους.

Της σχετικής ανακοίνωσης προηγήθηκε η συνάντηση που είχε νωρίτερα ο Οικουμενικός Πατριάρχης Βαρθολομαίος με την Συνοδική Αντιπροσωπεία της Κρήτης.

Αναλυτικά οι ενστάσεις του Οικουμενικού Πατριαρχείου στα προς αναθεώρηση άρθρα του Συντάγματος:

Ἐπί τοῦ ζητήματος τοῦ προτεινομένου πρός ἀναθεώρησιν  ἄρθρου 21 τοῦ Συντάγματος, περί τοῦ ἱεροῦ θεσμοῦ τῆς Οἰκογενείας, ἐξεφράσθη ἡ ἀντίθεσις τοῦ Οἰκουμενικοῦ Πατριαρχείου εἰς τήν σχεδιαζομένην ἀπάλειψιν τῆς φράσεως ἐκ τοῦ ἰσχύοντος Συντάγμα-τος, ὅτι ἡ οἰκογένεια ἀποτελεῖ «θεμέλιο τῆς συντήρησης καί τῆς προαγωγῆς τοῦ ἔθνους», διότι διαχρονικῶς ὁ εὐλογημένος οὗτος θεσμός ἀποτελεῖ βασικόν κύτταρον τοῦ Γένους, χρήζει δέ ρητῆς Συνταγματικῆς προστασίας καί οὐχί ὑποβαθμίσεως. Ἡ ἐνίσχυσις δέ αὕτη καθίσταται, ἰδίως κατά τάς ἡμέρας ταύτας, ἀναγκαία, ἕνεκα τῆς ὑπογεννητικότητος, τοῦ πανθομολογουμένου δημογραφικοῦ προβλήματος καί τῶν ποικίλων ἀναγκῶν τῶν πολυτέκνων οἰκογενειῶν. 

Ἐπί τοῦ ζητήματος τῆς προτεινομένης ἀναθεωρήσεως τοῦ ἄρθρου 3 τοῦ Συντάγματος, διά τῆς ὁποίας εἰσάγεται διάταξις, ὁρίζουσα ὅτι ἡ Ἑλληνική Πολιτεία εἶναι «θρησκευτικά ουδέτερη»,  καί ἐπιχειρεῖται ἡ μεταβολή τῶν ὑπό τό Οἰκουμενικόν Πατριαρχεῖον ὑφισταμένων ἀπό αἰώνων Ἐκκλησιαστικῶν Καθεστώτων, τό Οἰκου-μενικόν Πατριαρχεῖον ἐκφράζει τόν ἔντονον προβληματισμόν του διά τάς παραγομένας ἀρνητικάς νομικάς συνεπείας σχετικῶς πρός τήν ἐν γένει θέσιν τῆς Ὀρθοδόξου Ἐκκλησίας ἐν τῇ Ἑλληνικῇ Ἐπικρατείᾳ. Ἡ προτεινομένη τροποποίησις: 

α- Θά ἀποδυναμώσῃ τήν θεσμικήν θέσιν τοῦ Οἰκουμενικοῦ Πατριαρχείου ὡς Νομικοῦ Προσώπου Διεθνοῦς Δημοσίου Δικαίου.
β- Θά ἐπιφέρῃ τήν ἀποβολήν τῆς Ἐκκλησίας ἐκ τοῦ Δημοσίου βίου καί ἐνδεικτικῶς τήν κατάργησιν τῶν ἀργιῶν τῶν θρησκευτικῶν ἑορτῶν, τήν ἀλλοίωσιν τοῦ περιεχομένου καί τῆς διδασκαλίας τοῦ μαθήματος τῶν Θρησκευτικῶν, τήν ἀφαίρεσιν τῶν ἱερῶν συμβόλων τῆς Ὀρθοδοξίας ἐκ τοῦ συνόλου τῶν Δημοσίων Ὑπηρεσιῶν (σχολείων, δικαστηρίων κτλ.) κ.ἄ.. 
γ- Θά δημιουργήσῃ τό ἔρεισμα διά τήν μεταβολήν τοῦ συνόλου τοῦ ὑφισταμένου νομικοῦ πλαισίου, τό ὁποῖον καθορίζει τά Ἐκκλησιαστικά ἐν Ἑλλάδι Καθεστῶτα ἐν Κρήτῃ, ἐν Δωδεκανήσῳ, ἐν ταῖς λεγομέναις «Νέαις Χώραις» καί ἐν τῇ Πατριαρχικῇ Ἐξαρχίᾳ Πάτμου.  

Ἄλλωστε, αἱ μή ἀναθεωρητέαι διατάξεις τοῦ ὑφισταμένου ἄρθρου 13 τοῦ ἰσχύοντος Συντάγματος, δεδοκιμασμέναι ἐπιτυχῶς ἐν τῇ πορείᾳ τοῦ χρόνου, παρέχουσιν ἐπαρκεστάτην προστασίαν τῆς ἐλευθερίας τῆς θρησκευτικῆς συνειδήσεως ἑκάστου προσώπου καί τῆς θρησκευτικῆς λατρείας οἱασδήτινος γνωστῆς θρησκείας. 

Ἐπί τοῦ ζητήματος τῆς προτεινομένης μεταβολῆς τοῦ ὑφιστα-μένου ἐργασιακοῦ καθεστῶτος τῶν κληρικῶν καί τῶν λαϊκῶν ἐκκλησιαστικῶν ὑπαλλήλων, ἡ Μήτηρ Ἐκκλησία, ἐνστερνιζομένη τήν δικαίαν ἀγωνίαν αὐτῶν, ἐπιστηρίζει τό αἴτημα τῆς παραμονῆς αὐτῶν εἰς τήν Ἑνιαίαν Ἀρχήν Πληρωμῶν ἐν Ἑλλάδι καί τήν διατήρησιν τοῦ ἰσχύοντος θεσμικοῦ ἐργασιακοῦ πλαισίου. Ἡ προτεινομένη ρύθμισις ἀποτελεῖ ἐπιλεκτικήν δυσμενῆ μεταβολήν τῶν εἰρημένων ἐργασιακῶν σχέσεων.